Uczniowie, którzy kończyli naukę i chcieli ją kontynuować, byli kierowani na nauczanie w zakresie quadrivium do szkoły katedralnej. Do czasu reformacji, spośród czternastu rektorów aż jedenastu legitymowało się ukończeniem studiów uniwersyteckich z tytułem magistra, a jeden z tytułem bakałarza. Dzięki ich doświadczeniu szkoła już od połowy XIV wieku realizowała program quadrivium. thumb|left|Pierwszy budynek gimnazjum projektu Christopha Hacknera, wyburzony w 1867 roku
W 1523 roku urząd pastorski w kościele pw. św. Marii Magdaleny przejął Jan Hess, który zainicjował protestanckie nabożeństwa, a szkoła należąca do tej parafii stała się placówką protestancką. W 1610 roku wprowadzono do systemu nową organizację nauczania, na wzór tej wprowadzonej przez Petrusa Kirsteniusa w gimnazjum elżbietańskim, tj. sześciostopniowy system klas od najniższej 6 (secsta), do której przyjmowano chłopców w wieku 9 lat, do najwyższej, pierwszej (prima).
W 1643 roku, za sprawą ówczesnego dyrektora Heinricha Closiusa, podniesiono rangę szkoły do poziomu gimnazjum;