od tego roku konkurowała ona z drugą tego typu uczelnią, gimnazjum św. Elżbiety, głównie „w popisach krasomówczych i inscenizacjach teatralnych”. Po reformach w systemie nauczania w 1528 roku, a głównie po zmianie rangi szkoły w 1643 roku, zatrudnionych w niej było na stałe trzech profesorów (przy czym dwóch z nich piastowało urzędy rektora i prorektora) oraz ośmiu nauczycieli. Dodatkowo dwóch nauczycieli gimnazjum elżbietańskiego prowadziło lekcje w gimnazjum magdaleńskim. Po przekształceniu gimnazjum na szkołę realną zwiększono liczbę nauczycieli. Pracowało w niej dodatkowo dwóch nauczycieli rysunku. Po powstaniu szkoły żeńskiej pięciu nauczycieli ze szkoły męskiej udzielało lekcji dla dziewcząt; w szkole żeńskiej dodatkowo zatrudniona była guwernantka.
Szkoła swoją wysoką pozycję uzyskała dzięki bogatym tradycjom oraz śmiałym reformom programowo-metodycznym. Jeszcze przed otrzymaniem statusu gimnazjum była otwarta na potrzeby wszystkich środowisk społeczno-zawodowych. W szkole, prócz przedmiotów klasycznych, nauczano przedmiotów przyrodniczych, matematyki, prawa, historii, geografii i języków nowożytnych, w tym języka polskiego, który był nauczany do końca średniowiecza i we wczesnym okresie nowożytnym. Na początku XVI wieku szkoła miała już wysoką, ugruntowaną pozycję oświatową, a jej rektorzy od lat 30.