XVI wieku zasiadali w komisjach egzaminacyjnych dla kleryków szkoły katedralnej.
W 1710 roku wzniesiono nowy gmach szkolny, tym razem po przeciwnej stronie placu, na działce przylegającej do ulicy An der Magdalenenkirche (obecnie św. Marii Magdaleny) 1–3 i Schuhbrüke (obecnie ul. Szewska); od strony wschodniej budynek przylegał do ówczesnego domu parafialnego kościoła św. Marii Magdaleny. W 1863 roku zapadła kolejna decyzja o rozebraniu starego budynku i wzniesieniu na jego miejscu nowego gmachu szkolnego; otwarcie nowej siedziby i przekazanie obiektu nastąpiło 12 października 1869 roku. W 1766 roku status szkoły z powodu spadku poziomu nauczania został obniżony do gimnazjum realnego (na wzór szkół berlińskich). Ponowne otwarcie placówki po reorganizacji odbyło się 24 kwietnia 1766 roku. Zmiany w systemie nauczania nie przyjęły się w szkole i spowodowały wiele nieporozumień wśród kadry nauczycielskiej. W 1810 roku przywrócono szkole status gimnazjum klasycznego.
W 1866 roku do gimnazjum uczęszczało rekordowo wielu uczniów – 1063, gdy w równoległym gimnazjum św. Elżbiety było ich tylko 764.