Pogrzeb Anny Wazówny odbył się dopiero 16 lipca 1636 roku. Został zorganizowany przez Władysława IV Wazę, syna Zygmunta. Ze względu na to, że w Brodnicy utrzymywało nietolerancyjną politykę wobec ewangelików, na miejsce pochówku król obrał kościół Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny w Toruniu, stanowiący wówczas jeden z ważniejszych świątyń ewangelickich w ziemi chełmińskiej. Zwłoki złożono w krypcie pod pospiesznie wzniesionym mauzoleum.
Historia mauzoleum Według Jana Tajchman mauzoleum wykonano w 1636 roku. Jerzy Domasłowski sugeruje, że mauzoleum ukończono rok później, na co wskazuje inskrypcja znajdująca się na dwuskrzydłowej kracie pochodzącej z połowy XVIII wieku. Projektant i wykonawca mauzoleum jest nieznany. Kratę wykonał rzeźbiarz z Królewca Jan Ernest Debes, jednak autorstwo Debesa jest kwestionowane. Złocona krata wmontowano po przejęciu kościoła przez bernardynów po tumulcie toruńskim z 1724 roku. Miała ona podporządkować pomnik nowemu, katolickiemu ołtarzowi.