W 1825 roku dokonano naprawy uszkodzonych figur. Pod koniec XIX wieku arkadę zamknięto niską przegrodą. W latach 1900–1903 malborski rzeźbiarz Herman Still przeprowadził konserwację gzymsu i figur. Prace przeprowadzono dzięki dotacji rządu pruskiego i funduszom uzyskanym ze Szwecji. W okresie międzywojennym mauzoleum oczyszczono. Gruntowną konserwację mauzoleum przeprowadzono z przerwami w latach 1980–1995.
W 1994 roku otworzono kryptę grobową. Dostrzeżono, że zwłoki Anny Wazówny pozostawiono w nieładzie i nie były one ułożone do trumny. Przed ponownym pochówkiem przeprowadzono badania anatomiczne szkieletu. Drugi pogrzeb odbył się 15 października 1995 roku, z okazji zamknięcia obchodów 350. rocznicy Colloquium charitativum. Uroczystość miała charakter ekumeniczny i międzynarodowy.
Opis mauzoleum Mauzoleum to niewielki budynek w formie półokrągłej kaplicy. Zostało dobudowane do północnej ściany drugiego przęsła prezbiterium, w sąsiedztwie ołtarza. Jest pokryte sklepieniem konchowym.