Kierownik JUS, Michał Weichert, starał się poprzez Radę Główną Opiekuńczą nawiązać kontakt z żydowskim ruchem oporu. Żydowska Komisja Koordynacyjna i Rada Pomocy Żydom odrzuciły jednak złożoną przez niego propozycję współpracy. Pod koniec 1943 roku Ferdynand Arczyński przekazał Weichertowi polecenie natychmiastowej likwidacji organizacji podpisane przez Adolfa Bermana. Weichert przekazał część zasobów JUS Radzie Pomocy Żydom, lecz podczas kolejnego spotkania z Arczyńskim w marcu 1944 roku odmówił podporządkowania się Żydowskiej Komisji Koordynacyjnej.

Kierownictwo Polskiego Państwa Podziemnego, Rada Pomocy Żydom i Żydowska Komisja Koordynacyjna uznawały działalność JUS za szkodliwą i ostrzegały przed nią zarówno rząd Rzeczypospolitej Polskiej na uchodźstwie, jak i zagranicznych darczyńców. Do rządu londyńskiego trafiały krytyczne raporty na temat działalności JUS.

W lipcu 1944, po otrzymaniu informacji o planowanym przeniesieniu JUS na teren obozu w Płaszowie, Weichert podjął decyzję o wstrzymaniu działalności i ukryciu się.