W starszych typach bazylik trójkościelnych nawy boczne połączone były z nawą główną jedynie otworami drzwiowymi, w nowszych (jak np. bazylika Nekresi w Kachetii) nawy połączone są po stronie zachodniej przedsionkiem. Innym rozwiązaniem było częściowe otwarcie naw bocznych przez arkady umieszczone w centralnych odcinkach północnej i południowej ściany nawy głównej.
Rozwój thumb|Plan kościoła Zegaani, bazyliki trójkościelnej. Termin „bazylika trójkościelna” został po raz pierwszy wprowadzony przez gruzińskiego historyka sztuki , który stwierdził, że inspiracja pochodziła z Syrii i te osobliwe kościoły, wzorowane na pierwszym kościele w Nekresi, zaczęły się rozprzestrzeniać w Gruzji w połowie VI wieku. Istnienie takich kościołów w Syrii nie zostało udowodnione, co czyni bazylikę trójkościelną osobliwym zjawiskiem typowo gruzińskim – lokalną adaptacją wschodniorzymskiego modelu trójnawowego. Odkrycia archeologiczne we wschodnim gruzińskim regionie Kachetia, zwłaszcza te z dużych zrujnowanych bazylik w i Dolochopi przenoszą powstanie typu bazyliki trójkościelnej na koniec IV wieku, czyli na okres kilkudziesięciu lat po przyjęciu chrześcijaństwa we wschodnim gruzińskim królestwie Kartlii – Królestwa Iberii według źródeł klasycznych. Późniejsze przykłady można znaleźć w Dolnej Kartlii, jak np.