Chorągiew Krakowska Szarych Szeregów nosiła kryptonim: Ul „Smok”, a od 21 października 1944 – „Dzwon”. Była jedną z najliczniejszych, o najbardziej rozbudowanej strukturze terenowej – funkcjonowały środowiska szaroszeregowe w: Bochni, Brzesku, Chrzanowie, Dąbrowie Tarnowskiej, Dębicy, Gorlicach, Jarosławiu, Jaśle i okolicy (Błażowa, Czudec, Hyżne, Tyczyn), Krakowie, Krośnie, Krynicy, Krzeszowicach, Łańcucie, Mielcu, Mościcach (obecnie dzielnica Tarnowa), Myślenicach, Niebylcu i okolicy (Domaradz, Gwoźnica Górna, Lutcza, Połomia, Strzyżów), Nisku, Nowym Sączu, Olkuszu, Pilźnie, Przemyślu-Zasaniu, Przeworsku, Ropczycach, Rzeszowie, Sanoku, Sędziszowie, Stalowej Woli, Tarnobrzegu, Tarnowie, Zakopanem i Żabnie.
W Krakowie istniała bardzo silna organizacja Zawiszy (z komendantem Kazimierzem Lisińskim). Krakowskie Grupy Szturmowe składały się z kompanii „Bartek” (plutony „Danuta”, „Ewa” i „Felicja”) oraz organizującej się kompanii „Maciek” (plutony „Alicja” – tzw. podgórski, upamiętniony pomnikiem, „Barbara” i „Cecylia”), w Mościcach funkcjonował dywersyjny pluton Grup Szturmowych „Dzika”. Hufiec Nowy Sącz organizował przerzuty na Węgry.
W Krakowie i Mościcach prowadzono podziemną działalność wydawniczą, w Mościcach działała tajna szkoła podchorążych.