Harcerze hufca nowosądeckiego, noszącego nazwę 1 Podhalańskiej Drużyny im. Zawiszy Czarnego, w latach 1941–1942 pomagali ludności żydowskiej w dwóch gettach w Nowym Sączu. W 1944 hufiec ten został rozbity, a jego kadra rozstrzelana.
Krakowskie Szare Szeregi poniosły olbrzymie straty osobowe: Gestapo zamordowało trzech komendantów chorągwi, a w szczególnie tragicznym roku 1943 hitlerowcy przeprowadzili w mieście wiele aresztowań, zginęli liczni instruktorzy i harcerze.
Działalność po II wojnie światowej Po wojnie harcerze krakowscy czynnie uczestniczyli w odbudowie kraju ze zniszczeń. W marcu 1945 powstała Składnica Harcerska w Krakowie, która podjęła m.in. działalność wydawniczą.
4 grudnia 1956 reaktywowano Związek Harcerstwa Polskiego na terenie Krakowa. Następnego dnia odbyło się posiedzenie reaktywowanej komendy chorągwi ZHP, jednocześnie oficjalnie poinformowano Ministerstwo Oświaty o reaktywowaniu ZHP. Reaktywowanie ZHP zostało potwierdzone w rejestrze stowarzyszeń, zgodnie z którym ZHP nadal figurował jako stowarzyszenie istniejące, choć o zawieszonej działalności.