Początkowo dowódcami Shinsengumi byli: Kamo Serizawa, Isami Kondō oraz Nishiki Niimi. Grupa powstała z dwóch sekt: grupy Serizawy Mito i członków dōjō Isamiego Kondō. Mieli siedzibę w miejscowości Mibu, znajdującej się w sąsiedztwie Kioto. 12 marca 1863 wysłali list do klanu Aizu, prosząc o pozwolenie podjęcia działań policyjnych w Kioto w celu powstrzymania bezprawia i działań rewolucjonistów. Otrzymali pozwolenie, ale – ironicznie – lekkomyślne działania Serizawy i Niimiego dokonane w imieniu Shinsengumi spowodowały, że grupy tej obawiano się w Kioto, mimo iż jej zadaniem było utrzymanie spokoju. Ich reputacja poprawiła się dopiero po seppuku Niimiego oraz zabójstwie Serizawy przez będącą częścią Shinsengumi frakcję Kondō.
Zasady Shinsengumi
Według popularnej legendy, prawa Shinsengumi zostały napisane przez Kamo Serizawę lub Isamiego Kondō, ale według wielu historyków, bardziej prawdopodobnym autorem jest Toshizō Hijikata (ich surowość bardziej pasuje do jego osobowości).
Prawo Shinsengumi obejmuje pięć zasad, zabraniających: odstępstwa od samurajskiego kodeksu bushidō; opuszczania Shinsengumi; prywatnego zarabiania pieniędzy; udziału w sporach niezwiązanych z Shinsengumi; udziału w prywatnych walkach.