Karą za złamanie którejś z zasad było seppuku. Dodatkowo, w Shinsengumi obowiązywały następujące zasady: jeżeli dowódca oddziału został śmiertelnie raniony w walce, wszyscy członkowie oddziału muszą walczyć nadal i zginąć w tym samym miejscu; nawet jeżeli walka pociąga za sobą wiele ofiar śmiertelnych, nie pozwala się na odzyskiwanie ciał zabitych, z wyjątkiem ciała dowódcy; jeżeli członek Shinsengumi wdał się w walkę z obcym, będąc na służbie lub nie, i został ranny, i nie mógł zabić przeciwnika, pozwalając mu uciec, nawet w przypadku rany na plecach, nakazuje się seppuku.
Hijikata wymuszał przestrzeganie bardzo surowych praw, aby stworzyć grupę działającą według ideałów bushidō i wywołać strach, mający skutkować absolutnym posłuszeństwem wobec Hijikaty i Kondō. Głównie dzięki powyższym zasadom Shinsengumi stało się tak mocną i budzącą strach siłą, składającą się z setek doświadczonych szermierzy, z których każdy miał prawo i pozbawioną skrupułów skłonność do zabijania.
Duża liczba członków oddziału została zmuszona do popełnienia seppuku za złamanie zasad lub została zabita jako szpiedzy.
Mówiło się nawet, że krew członków Shinsengumi płynęła ulicami Kioto jak woda.