Za koniec Shinsengumi uważa się śmierć Toshizō Hijikaty 11 maja 1869.
Klęskę i rozpad oddziału przeżyło kilku jego członków, między innymi Shinpachi Nagakura i Hajime Saitō.
Przedstawienie w mediach
Z roku 1970 pochodzi film opowiadający historię Shinsengumi, pod tytułem "Schyłek szogunatu" (jap. Bakumatsu). W jednej z głównych ról występuje Toshirō Mifune, który wcielił się w rolę Shōjirō Gotō.
W 2004 japońska telewizja NHK rozpoczęła edycję rocznego serialu telewizyjnego 新選組! (Shinsengumi!), opowiadającego historię oddziału. Wśród aktorów znaleźli się Kōji Yamamoto, Tatsuya Fujiwara, Joe Odagiri i Katori Shingo ze znanego zespołu pop (SMAP). Wiele innych seriali i programów poruszało wydarzenia historyczne i fikcyjne związane z tą grupą.
W 2003 powstał japoński film "Kiedy dobyto ostatniego miecza" (ang. "When the last sword is drawn", oryginalny tytuł japoński: "Mibu gishi den") w reżyserii Yōjirō Takity, przedstawiający w sfabularyzowany sposób koniec Shinsengumi.