Incydent Ikedaya w 1864, w którego czasie Shinsengumi zapobiegło spaleniu Kioto, uczynił grupę sławną i spowodował gwałtowny napływ rekrutów. W szczytowym momencie Shinsengumi miało około 300 członków. Byli pierwszą grupą samurajów w hierarchicznym społeczeństwie japońskim, przyjmującą członków z innych klas, takich jak rolnicy lub kupcy. Wielu mężczyzn dołączyło do Shinsengumi, pragnąc zostać samurajami i zaangażować się w działalność polityczną.
Hierarchia po incydencie Ikedaya Dowódca: Isami Kondō ze szkoły Tennen Rishin Ryū
Zastępcy: Toshizō Hijikata, Keisuke Yamanami
Doradca wojskowy: Kashitarō Itō
Dowódcy oddziałów: Sōji Okita Shinpachi Nagakura Hajime Saitō Chūji Matsubara Kanryūsai Takeda Genzaburō Inoue Sanjūrō Tani Heisuke Tōdō Mikisaburō Suzuki Sanosuke Harada Szpiedzy: Kai Shimada, Susumu Yamazaki.
Koniec Shinsengumi Shinsengumi pozostali lojalni w stosunku do bakufu Tokugawa i po jego upadku zostali wyparci z Kioto. Walczyli do samego końca – nawet po upadku siogunatu (patrz: wojna boshin). Isami Kondō został pojmany i ścięty na polecenie rządu Meiji.