13 września 1109 konsekrowano pierwszy kościół klasztorny – trójnawową bazylikę z transeptem i sygnaturką, wzniesioną na podstawie projektu reformatora Wilhelma z Hirsau. W roku 1111 powstał również klasztor żeński. Placówka przerodziła się w ważny ośrodek kulturalny i religijny regionu, funkcjonowało tu skryptorium. Pod koniec lat 30. XII wieku w Zwiefalten przebywało 70 mnichów, 130 braci świeckich i 62 siostry zakonne. Ostatnia wzmianka o żeńskim klasztorze pochodzi z roku 1358, zakonnice przeniosły się do podległego klasztoru Mariaberg (ob. dzielnica Gammertingen). Opactwo administrowało również placówkami w Mochentalu (ob. Ehingen) i Oberstetten (ob. Hohenstein). Formalnie klasztor należał do diecezji Konstancji, a jej biskupi każdorazowo wyświęcali nowych opatów.
W 1525 kompleks został splądrowany przez protestanckiego księcia Wirtembergii, lecz w 1534 jako jedyny z piętnastu męskich klasztorów nie uległ kasacie. Status placówki uregulował traktat w Spirze z roku 1570, który dawał jej dużą niezależność przy uznaniu jurysdykcji wirtemberskiej. Zajęcie klasztoru utrudnił fakt, że od 1422 znajdował się on na liście posiadłości habsburskich.