Do wojskowej służby czynnej, zawodowej, został przyjęty 1 lutego 1931 r. i skierowany do Brygady KOP „Polesie” na kapelana 16. batalionu KOP „Sienkiewicze”. Dowództwo batalionu kwaterowało w Łachwie, a kompanie graniczne Sienkiewiczach we wschodniej części województwa Poleskiego, przy granicy RP z Białoruską SRR. W strukturze duszpasterstwa WP ten obszar zaliczano do rejonu Pińsk, w dekanacie religijnym nr IX Brześć nad Bugiem. Służbę w KOP zakończył 30 grudnia 1931 r.
Ks. Andrzej Niwa 1 grudnia 1931 r. był mianowany na administratora parafii wojskowej w Prużanie – garnizonu 20. Pułku Artylerii Lekkiej i 25. Pułku Ułanów Wielkopolskich w dekanacie religijnym nr IX Brześć nad Bugiem. Następnie został skierowany do Grudziądza. Od 16 maja 1936 r. posługiwał w Ostrowie Wielkopolskim w garnizonie 60. Pułku Piechoty Wielkopolskiej w dekanacie religijnym nr VII Poznań. Posługiwał żołnierzom trzech pułków, stacjonujących w trzech garnizonach, 60. pułku piechoty Wielkopolskiej stacjonującego w Ostrowie, 56. pułku piechoty Wielkopolskiej w Krotoszynie i 70. Pułku Piechoty w Pleszewie. 2 lipca 1936 roku wszedł w skład zarządu ostrowskiego koła Polskiego Białego Krzyża. W maju 1938 roku wybrano go w skład powiatowego prezydium Komitetu Budowy Ścigacza Torpedowego „Poznań”.