Podczas jego pobytu w Hiszpanii wybuchła wojna domowa. Ze względu na zagrożenie życia, Smyrak postanowił wracać do Polski. W trakcie podróży powrotnej został schwytany przez republikański oddział partyzancki. Partyzanci wsadzili Smyraka do łódki bez wody pitnej, jedzenia i wioseł, odepchnęli ją od brzegu, drwiąc z duchownego, że modlitwy są jego jedyną szansą na ocalenie. Bernard modlił się do św. Józefa, obiecując, że jeśli zostanie uratowany, zbuduje kaplicę. Wiatr z czasem przywiał łódź z kapłanem z powrotem do brzegu, ratując go. W 1936 powróciwszy do Polski został redaktorem „Głosu Karmelu”, zaangażował się w reformę czasopisma i wydawanie „Kalendarza Głosu Karmelu” oraz zainicjował druk serii wydawniczej „Bibliotheca Carmelitana”. Sam także publikował na łamach czasopisma. W latach 1936–1938 był organizatorem kilkusetosobowych pielgrzymek dla III Zakonu Karmelitańskiego do Czernej do grobu Rafała Kalinowskiego. W lipcu 1938 powołany został na magistra dla kleryków w Krakowie.