Życie rodzinne Witold Podgórski był synem Sylwestra Ignacego Podgórskiego (1847–1904) i Wandy z domu Turskiej (1859–1911). Miał siedmioro rodzeństwa, byli to: Przemysław Podgórski – inżynier, działacz niepodległościowy, współzałożyciel Związku Patriotycznego Janina, późniejsza Jurkiewicz – pierwsza polska adwokatka, żona Stanisława Jurkiewicza, ministra pracy i opieki społecznej w II RP Zbigniew Szczęsny Gracjan Podgórski (1882– po 1935) – sędzia pokoju Sądu Okręgowego w Warszawie Jadwiga Podgórska (1885–1948) – dr chemii Mieczysław Podgórski (1884–1917) – lekarz Zdzisław Maksymilian (1888–1944) – major Wojska Polskiego (II RP) Zofia Podgórska (1894–1894).
Witold Podgórski ożenił się w Moskwie 19 marca 1919 roku z Heleną Pilecką (1903–1984) i miał z nią dwoje dzieci: Danutę Wiktorię (1926–2001) i Jacka Jana (1936–2018).
Przypisy Akt chrztu Witolda Podgórskiego z nr 1891 / 75 parafii św. Piotra i Pawła w Moskwie przechowywany w Centralnym Państwowym Archiwum miasta Moskwy (ros.). Подгурский Витольд Сильвествович. Анкеты отвественного работника Наркомнаца.