W kaplicy tej Vasco da Gama i jego załoga modlili się w noc przed wypłynięciem (po powrocie da Gamy, Manuel I zbudował w tym miejscu Klasztor Hieronimitów (Mosteiro dos Jerónimos) dla upamiętnienia odkrycia drogi morskiej do Indii). Vasco da Gama opuścił Lizbonę, mając pod swymi rozkazami cztery okręty (São Gabriel, São Rafael, Berrio oraz okręt transportowy o nieznanej nazwie) i 160 ludzi załogi (niektóre źródła podają liczbę 170), wśród których było wielu skazańców.
Przebieg wyprawy i jej konsekwencje thumb|Na czarno zaznaczono trasę pierwszej podróży Vasco da Gamy do Indii. Trasa wyprawy wiodła przez Atlantyk koło Wysp Kanaryjskich i Wysp Zielonego Przylądka. Mimo że część drogi do Przylądka Dobrej Nadziei była na tamte czasy już dobrze znana, rejs nie należał do łatwych. Vasco musiał radzić sobie z buntami załogi, z gwałtownymi sztormami oraz ze szkorbutem wśród marynarzy. 16 grudnia wyprawa minęła Fish River i kontynuowała żeglugę po wodach nieznanych Europejczykom. W dniu 25 grudnia wybrzeżu, które wówczas mijali, nadano nazwę Natal (dosł. Boże Narodzenie). W styczniu osiągnęli wybrzeże dzisiejszego Mozambiku, kontrolowanego przez Arabów wschodniego wybrzeża Afryki, które stanowiło część sieci handlowej Oceanu Indyjskiego.