Będąc tak daleko, da Gama wynajął w Malindi pilota, który poprowadził ekspedycję przez dalszą część drogi do Kalikat (Kozhikode) na południowo-zachodnim wybrzeżu Indii (20 maja 1498 r.). Gwałtowne niekiedy negocjacje z miejscowymi władcami spotkały się z oporem handlowców arabskich. Ostatecznie jednak da Gama zdołał uzyskać niejasną ugodę handlową, lecz zmuszony był odpłynąć bez ostrzeżenia po tym, jak radża Kalikatu starał się skłonić go do pozostawienia wszystkich towarów jako formy zabezpieczenia. Da Gama zatrzymał towary, lecz pozostawił kilku Portugalczyków z poleceniem prowadzenia stacji handlowej (faktorii).
W drodze powrotnej wielu członków załogi zmarło na szkorbut. Do Portugalii dopłynęło tylko 55 osób. Po swoim powrocie do Portugalii we wrześniu 1499 roku da Gama został szczodrze nagrodzony jako człowiek, któremu udało się sfinalizować plan, którego realizacja zajęła osiem lat.
Późniejsze losy W 1501 roku poślubił Catarin de Ataíde. Da Gama miał siedmioro dzieci: sześciu synów i jedną córkę.