Da Gama otrzymał tytuł „Admirała mórz indyjskich” po czym 12 lutego 1502 roku pożeglował ponownie do Indii na czele floty składającej się z dwudziestu okrętów w celu wyegzekwowania interesów portugalskich oraz zagarnięcia siłą towarów, których nie mógłby nabyć drogą pokojową. Zatrzymany przez Portugalczyków statek z pielgrzymami z Mekki został ograbiony i spalony, a około 380 osób (w tym kobiety i dzieci) zamordowano, zagrabiając dobra o wartości około 22 tysięcy dukatów. Dwa lata wcześniej wysłano Pedro Alvaresa Cabrala (w czasie swojej podróży odkrył on Brazylię), który stwierdził, że załoga faktorii handlowej została wymordowana, spotykając się z oporem Kalikatu.
Vasco da Gama zaatakował i wymusił okup od wschodnioafrykańskiego portu arabskiego Kilwa Kisiwani, który był zaangażowany w opór przeciw Portugalii. Da Gama prowadził działalność piracką przeciwko arabskim statkom handlowym, rozgromił flotę Kalikatu, składającą się z około 29 okrętów, i ostatecznie podbił to portowe miasto. W zamian za pokój otrzymał cenne koncesje handlowe i olbrzymią ilość łupów, co zapewniło mu wyjątkowe uznanie korony portugalskiej.