4 marca 1072 oblegał go jej brat – Sancho II Mocny, król Kastylii, który pragnął zjednoczyć ziemie podzielone testamentem ojca. Po siedmiu miesiącach oblężenia został zamordowany w wyniku zdrady, a oblężenie przerwano. W języku hiszpańskim istnieje przysłowie, którego źródłem jest wspomniane wydarzenie: „no se ganó Zamora en una hora” („w godzinę Zamory nie zdobędziesz”). Odpowiada ono znaczeniowo polskiemu: „nie od razu Kraków zbudowano”.
W 1158 roku miało miejsce w Zamorze półlegendarne wydarzenie znane jako „pstrągowa rebelia”. Według podań, w walce o pierwszeństwo do zakupu pstrąga, dyskryminowany lud podpalił jeden z kościołów, w którym znajdowali się arystokraci. Po spaleniu świątynia została odbudowana jako Santa María la Nueva.
XII stulecie uznawane jest za „złoty wiek” w dziejach miasta – wtedy został ustalony obecny układ urbanistyczny starówki i powstały najbardziej reprezentatywne budynki. Wraz z przesunięciem się frontu rekonkwisty bardziej na południe, Zamora wkroczyła w okres spokoju, który sprzyjał rozwojowi ośrodka miejskiego, jednakże wraz z epoką wielkich odkryć geograficznych jej znaczenie uległo stopniowemu osłabieniu.