28 listopada 1939 roku zorganizował demonstrację we Wlorze. Wiosną 1941 roku objął funkcję prefekta obwodu Gjirokastra, a w 1943 roku został mianowany prefektem obwodu Wlora przez premiera Maliqa Bushatiego, jednocześnie angażował się w działalność ruchu oporu; dołączył do Balli Kombëtar, zostając wybranym na sekretarza wykonawczego. Z tego powodu Quku został odwołany z pełnionej przez siebie funkcji. We wrześniu 1943 roku uczestniczył także w konferencji w Mukje. Związany z Armią Narodowo-Wyzwoleńczą Enver Hodża kilkukrotnie składał Quku propozycję przyłączenia się do swojej armii i objęcia wysokich wojskowych stanowisk, jednak ten za każdym razem odmawiał ze względu na swoje antykomunistyczne poglądy; z tego powodu Hodża ogłosił go wrogiem ludu.

Po zajęciu Albanii przez wojska niemieckie dwóch oficerów Wehrmachtu poprosiło o spotkanie z Midhatem Frashërim i Faikiem Quku, ci jednak nie zgodzili się na rozmowy, ten drugi nie uczestniczył także w pierwszym kongresie Balli Kombëtar, który odbył się w Beracie. Latem 1944 roku kierownictwo tejże organizacji zaproponowało mu objęcie dowództwa na południu, jednak odmówił. Nawiązał natomiast kontakt z albańskimi nacjonalistami z północnej Albanii w celu udaremnienia przedostania się sił komunistycznych na północ okupowanego jeszcze kraju.