Delegacja wysłana przez joannitów sporządziła raport, w którym stwierdzono, że lokalizacje te były niekorzystne i niechętnie przyjęli zarówno Trypolis, jak i Wyspy Maltańskie ze względu na odległość między nimi i znaczne wydatki, jakie byłyby konieczne do ich utrzymania.
thumb|left|Dokument z 1530, potwierdzający darowanie Trypolisu, Malty i Gozo joannitom; dziś przechowywany w Bibliotece Narodowej Malty
Szpitalnicy ostatecznie przyjęli Trypolis, Maltę i Gozo jako lenno 23 marca 1530, a kontrolę nad miastem przejęli 25 lipca tegoż roku. Zakon założył swoją siedzibę w Birgu na Malcie, podczas gdy do administrowania Trypolisem został mianowany gubernator. Pierwszym gubernatorem był Gaspare de Sanguessa, i chociaż próbował nawiązać przyjazne stosunki z pobliskimi plemionami, opór wobec rządów chrześcijańskich był kontynuowany ze strony pobliskiej osady Tadżura, która znajdowała się pod wpływami Imperium Osmańskiego. Na początku lat trzydziestych XVI wieku, aby zaprojektować modyfikacje fortyfikacji miasta, do Trypolisu został wysłany florencki inżynier wojskowy Piccino.