Gubernator Trypolisu otrzymał uprawnienia podobne do tych, jakie posiadał wielki mistrz Zakonu i mógł zakładać w obrębie miasta zajazdy dla ośmiu języków. Valette miał nadzieję, że joannici zdołają w końcu przejąć kontrolę nad całym regionem Trypolitanii. Plany przeniesienia się Zakonu do Trypolisu zostały porzucone po zdobyciu przez tureckiego korsarza Turguta zakonnej galery „La Catarinetta”, która przewoziła 7 000 scudi przeznaczonych na opłacenie budowy nowych fortyfikacji miasta.
Na początku 1551 sułtan Sulejman nakazał swojemu admirałowi Sinanowi Paszy odbicie Trypolisu z rąk joannitów. Po nieudanej próbie zajęcia Malty i udanym ataku na Gozo, Turcy oblegali Trypolis przez dwa tygodnie. Miasto poddało się 15 sierpnia 1551, a gubernator Gaspard de Vallier i rycerze otrzymali pozwolenie na odpłynięcie na statkach dostarczonych przez ambasadora Francji. Części miejskiego garnizonu również pozwolono opuścić miasto, podczas gdy reszta została wzięta w niewolę. Muzułmańscy pomocnicy, którzy służyli joannitom, zostali straceni.