Bazydiole 10–27 × 2,5–7 µm, cylindryczne do maczugowatych. Cheilocystydy 25–85 × 6,5–19 µm, baryłkowate, lancetowate, w kształcie urny, maczugowate, nieco wrzecionowate, czasami szypułkowe, cienkościenne, szkliste, nieamyloidalne. Skórka kapelusza zbudowana z promieniście ułożonych, cylindrycznych, nieco grubościennych, inkrustowanych strzępek o szerokości do 8 µm. Kaulocystydy 23–65 × 6–18 µm, maczugowate, szeroko maczugowate, w kształcie urny, cylindryczne, czasami nieregularne, nierozgałęzione lub rzadko rozgałęzione, nigdy koraloidalne, pigmentowane, grubościenne, w KOH o barwie od żółtej do pomarańczowobrązowej. Na strzępkach sprzążki. Gatunki podobne Pępowniczka brunatna charakteryzuje się ciemnymi owocnikami, raczej małymi, elipsoidalnymi lub cylindryczno-elipsoidalnymi, często niemal kiełbaskowatymi zarodnikami, występowaniem nierozgałęzionych i często szerokich kaulocystyd oraz grubościennymi strzępkami. Podobna jest pępowniczka dzwonkowata (Xeromphalina campanella).