18 maja 1474 roku Eleonora urodziła Herkulesowi córkę Izabelę, a rok później, 29 czerwca 1475 – Beatrycze. W kolejnych latach urodziła jeszcze czterech synów. Małżeństwo Herkulesa i Eleonory współcześni uważali za wzorowe. Książę uchodził za wiernego małżonka. Raz tylko, gdy żona w 1477 roku wyjechała na kilka miesięcy do Neapolu, odwiedzić rodziców, nawiązał romans z damą dworu, Izabelą Arduino, która w marcu 1478 roku powiła mu syna Giulia. W trzy miesiące później wyszła za mąż za Jacoma Mainente z Ferrary.
W trudnych chwilach Eleonora potrafiła okazać sporo odwagi i przytomności umysłu. W 1476 roku, podczas pobytu Herkulesa w Belriguardo, Mikołaj d’Este spróbował śmiałym atakiem zdobyć Ferrarę. Na łodziach wiozących słomę ukrył 700 zbrojnych i podpłynął Padem pod samo miasto. Zdołał się wedrzeć do środka, okrzyk „vela” (żagiel) i tym razem nie znalazł jednak echa wśród ferraryjczyków. Eleonora, porozumiawszy się z braćmi męża: Zygmuntem, Albertem i Rinaldem, zebrała oddział wojska, który wyparł Mikołaja z miasta, zepchnął na okoliczne bagna i tam go schwytał. Herkules kazał Mikołaja ściąć, 20 jego stronników powiesić dla postrachu w oknach Palazzo della Ragione, a dalszych pięciu na murach Castello Vecchio.