Odprawiona z kwitkiem 3 maja 1482 roku Wenecja wypowiedziała wojnę Ferrarze. Herkules dzięki rozmaitym sojuszom zapewnił sobie pomoc Neapolu, Florencji, Mediolanu, Mantui i Bolonii. Po stronie Wenecji opowiedział się papież, Girolamo Riaro, Siena, Genua i markiz di Monferrato. Na czele wojsk weneckich stanął poróżniony z Ludwikiem Sforzą Robert da San Severino. Herkules powierzył swoją obronę księciu Alfonsowi z Kalabrii i Fryderykowi da Montefeltro, księciu Urbino. Obeznani z bagnistą doliną Padu Wenecjanie zajęli Adrię, Comacchio, zamek Fizarolo, Rovigo i Lendinarę. Oddziały Montefeltra dostały się do niewoli. Tysiące żołnierzy zmarły na malarię. Zapadł na nią sam Montefeltro i 10 września zmarł w Ferrarze. Wenecjanie oblegli Ferrarę, której mieszkańcy umierali od zarazy. Choroba powaliła również Herkulesa. W sytuacji ostatecznego zagrożenia rządów Estów, władzę w mieście objęła silną ręką Eleonora. Dzieci wysłała do Modeny, a chorego męża umieściła w bezpiecznym miejscu. Zastawiła prawie wszystkie klejnoty, wezwała mieszkańców do obrony miasta i ostatecznie je uratowała.