Do czasu włączenia do korpusu astronautów był w bazie Cecil Field głównym lekarzem lotniczym jednej z jednostek lotnictwa transportowego. marzec 1987 – opuścił Marynarkę Wojenną przechodząc do rezerwy.

Wylatał ponad 4500 godzin.

Kariera astronauty thumb|1 marca 1973 – załoga Skylaba podczas treningu w makiecie stacji. Od lewej: Joseph Kerwin, Paul Weitz i Charles Conrad. 29 czerwca 1965 dostał się do czwartej grupy astronautów NASA (). W jej skład weszło 6 naukowców. 1970 – podczas lotu statku kosmicznego Apollo 13 w Centrum Kierowania Lotem w Houston pełnił funkcję tzw. CapCom (operatora łączności). styczeń 1972 – został włączony do składu pierwszej załogowej wyprawy na pokład amerykańskiej stacji kosmicznej Skylab (lot Skylab 2). 25 maja – 22 czerwca 1973 – uczestniczył w załogowej misji Skylab 2. Po rozpoczęciu realizacji programu Space Transportation System Joseph Kerwin pracował w Biurze Astronautów NASA. Kierował przygotowaniami do pierwszego naboru astronautów – specjalistów misji. Ponadto zajmował się zagadnieniami związanymi z umieszczaniem na orbicie przez astronautów sztucznych satelitów przewożonych w ładowni wahadłowca, ich remontem oraz sprowadzaniem na Ziemię. kwiecień 1982 - grudzień 1983 – był głównym przedstawicielem naukowym NASA w Australii.