Spotkanie finałowe przegrał w trzech setach ze Stanislasem Wawrinką.
Jego największym osiągnięciem deblowym jest wygrana w wielkoszlemowym Rolandzie Garrosie z roku 2004. Występował w parze z rodakiem Olivierem Rochusem; Belgowie pokonali w turnieju m.in. Argentyńczyków Mariano Hooda i Sebastiána Prieto, duet Jonas Björkman i Todd Woodbridge, parę Martín Rodríguez i Gastón Etlis, Hindusa Mahesha Bhupathiego i Białorusina Maksa Mirnego, a w finale Francuzów Michaëla Llodrę i Fabrice'a Santoro. Wygrana w turnieju wielkoszlemowym pozwoliła Belgom na udział w turnieju Tennis Masters Cup w 2004 roku, który jednak zakończyli już na etapie rozgrywek grupowych z jedną wygraną i dwiema porażkami. Drugie wspólne zwycięstwo turniejowe odnieśli u progu sezonu 2005 w Adelajdzie. W 2007 roku Malisse wygrał dwa deblowe turnieje - w Ćennaju w parze z Dickiem Normanem oraz w Delray Beach z Hugo Armando. Rok później osiągnął również finał turnieju w Auckland tworząc duet z Jürgenem Melzerem. Po trzech latach, w lutym 2011 roku Belg ponownie doszedł do finału zawodów deblowych, podczas rywalizacji w San José. Razem z Alejandro Fallą przegrali jednak mecz finałowy z Amerykanami Scottem Lipskym oraz Rajeevem Ramem. Tegoż samego roku wspólnie z Ołeksandrem Dołhopołowem Malisse wygrał zmagania deblowe w Indian Wells.