W rundzie finałowej wygrali z Rogerem Federerem i Stanislasem Wawrinką. Pod koniec sierpnia 2011 roku Malisse wraz z Markiem Knowlesem zdobył tytuł w Los Angeles po wygranej w finałowym spotkaniu z parą Somdev Devvarman-Treat Huey. W lutym 2012 roku belgijski tenisista razem z Markiem Knowlesem zwyciężyli w zmaganiach w San José, pokonując w finale Kevina Andersona i Franka Mosera. W maju 2012 roku razem z Dickiem Normanem wystąpił w finale turnieju w Monachium. W meczu o mistrzostwo ulegli parze František Čermák–Filip Polášek 4:6, 5:7. W lipcu tego samego roku wraz z Michaelem Russellem dotarli do finału turnieju w Atlancie, lecz w ostatnim pojedynku przegrali z parą Matthew Ebden i Ryan Harrison. Ósmy deblowy tytuł Malisse wywalczył razem z Rubenem Bemelmansem w Los Angeles, po zwycięstwie w decydującej rundzie z Kenem Skupskim i Jamiem Delgado. W lutym 2013 roku tenisista belgijski ponownie zwyciężył w zawodach gry podwójnej, w San José. Partnerem deblowym Malissa był Frank Moser, a w rundzie finałowej byli lepsi od Lleytona Hewitta i Marinko Matoševicia.
W 2013 roku Malisse zakończył zawodową karierę.