Pobraną próbkę wody rozcieńcza się (wody pitnej z przyczyn oczywistych się nie rozcieńcza) w pożywce zawierającej laktozę (jako substrat) i zieleń brylantynową (jako wskaźnik kwasowości). Oznaczenie przeprowadza się z użyciem rurki Durhama (służy ona do gromadzenia wydzielanego gazu). Po dobowej inkubacji można odczytywać wyniki.
Podstawowe poziomy czystości wody z rzek, stawów, ścieków[cm³]: 0,1 – woda jest niezdrowa 1,0 – woda jest zanieczyszczona (niepewna) 10 – woda jest stosunkowo czysta (ale niezdatna do spożycia) 100 – woda jest dostatecznie czysta
Obecnie, w przypadku oceny jakości wody podstawą jest badanie w kierunku mikroorganizmów wskaźnikowych skażenia kałowego, wśród których parametrem z wyboru jest E. coli lub alternatywnie termotolerancyjne bakterie grupy coli. Woda do picia nie powinna zawierać kałowych organizmów wskaźnikowych. Wymaganie określone jest jako liczba E. coli wynosząca 0 w 100 ml. Metody badawcze pozwalają określić liczbę bakterii w postaci jtk (cfu) lub NPL.