Najcenniejsze kolekcje i eksponaty thumb|180px|Poliptyk św. Pawła thumb|180px|Galeria organowa z początku XVII wieku ze zniszcznej katedry thumb|180px|Dzwon Petronilla (najstarszy dzwon na Malcie) thumb|180px|Kolekcja drzeworytów Dürera Woskowe płaskorzeźby wykonane przez Melchiorre Cafà, przedstawiające Zwiastowanie Najświętszej Maryi Pannie, Boże Narodzenie, Pokłon pasterzy, a także Chwałę św. Róży z Limy 15 srebrnych figur znanych jako Apostolato, wykonanych w latach 1741–1743 przez Antonio Arrighiego Najstarszy dzwon na Malcie, odlany w 1370 w Wenecji. Dzwon nosi imię Petronilla Sala maltańska – galeria Jimmiego i Doris Farrugia. Kolekcja sreber, mebli, obrazów, akwarel, grafik i innej sztuki użytkowej Sala Dun Karma, narodowego poety maltańskiego – mieści jego rzeczy osobiste, w tym rękopisy, listy, jego maszynę do pisania i pianino Kaplica z pięcioma obrazami Antoine de Favraya. Jest to obraz Zwiastowanie (1748) umieszczony w ołtarzu głównym oraz obrazy boczne Święty Paweł, Święty Piotr, Święty Franciszek Salezy i Święty Karol Boromeusz Galeria Marchese – sala zawierająca podarowaną przez hrabiego Severia Marchese kolekcję obrazów, rysunków starych mistrzów i rycin. Sala ta mieści jedne z najważniejszych malowideł panelowych na Malcie pochodzących z XV wieku. W sali dominuje poliptyk św. Pawła.