W kolejnych latach realizował na małym ekranie takie produkcje jak: Agentka o stu twarzach (Alias), czy Zagubieni (Lost). Pilotażowy odcinek tego ostatniego serialu, okazał się najbardziej kosztownym w historii telewizji. W 2005 wyreżyserował swój pierwszy pełnometrażowy film Mission: Impossible III.
Reżyserował też film kinowy Star Trek XI i emitowany od 2008 roku serial Fringe: Na granicy światów.
W 2013 ogłoszono, że Abrams będzie reżyserem siódmego filmu z cyklu Gwiezdne wojny. Gwiezdne wojny: Przebudzenie Mocy weszło na ekrany kin w grudniu 2015.
Filmografia Rok Film Uwagi Funkcja 1982 Nightbeast kompozytor 1990 Dbać o interes (Taking Care of Business) scenarzysta 1991 Odnaleźć siebie (Regarding Henry) scenarzysta, aktor 1992 Wiecznie młody (Forever Young) scenarzysta 1993 Szósty stopień oddalenia (Six Degrees of Separation) aktor 1996 Diabolique aktor 1996 Żałobnik (The Pallbearer) producent 1997 Przygoda na rybach (Gone Fishin’) scenarzysta 1998 Felicity serial TV scenarzysta, reżyser, kompozytor, producent 1998 Armageddon scenarzysta 1999 Wielki powrót (The Suburbans) aktor, producent 2001 Prześladowca (Joy ride) scenarzysta, producent 2001 Agentka o stu twarzach (Alias) serial TV scenarzysta, reżyser, kompozytor, producent 2004 Alias gra komputerowa scenarzysta 2004 Zagubieni (Lost) serial