Okres ten spędził w Turcji, Iraku i Francji.
W tym samym czasie liczba jego zwolenników w kraju rosła, w latach 1977–1979 przekształcając się w ruch masowych demonstracji, a następnie w zbrojne powstanie (rewolucja irańska), które utorowało Chomejniemu możliwość powrotu do kraju. W czasie powrotu witały go trzy miliony zwolenników zebranych wokół lotniska w Teheranie. 5 lutego 1979 roku proklamował on powstanie pierwszego rządu islamskiego, narzucającemu krajowi surowy islamski kodeks oparty na Koranie.
Tygodnik „Time” uznał Chomejniego Człowiekiem Roku 1979.
Rewolucja w Iranie wywołała niepokój we wszystkich państwach islamskich, które kontrolowały niezadowolenie konserwatywnych mas społecznych dzięki pomocy wojskowej ze Stanów Zjednoczonych (Arabia Saudyjska), Związku Radzieckiego (Afganistan) albo obydwu tych mocarstw (Irak). Spowodowało to izolację międzynarodową Iranu oraz uwikłanie państwa w wojnę z Irakiem, w której armia iracka uzyskiwała poparcie praktycznie wszystkich mocarstw światowych oraz Arabii Saudyjskiej.
Co prawda Iran zdołał odeprzeć armię iracką, ale zapłacił za to długotrwałym kryzysem ekonomicznym oraz śmiercią kilkuset tysięcy młodych ludzi, często najbardziej zagorzałych zwolenników Chomejniego.