.
W 1988 r., po operacji Ludowych Mudżahedinów Iranu skierowanej przeciw Republice Islamskiej, Chomejni wydał urzędnikom sądowym rozkazAbrahamian, Ervand, Tortured Confessions, University of California Press, 1999, s. 210.Mohsen Rezaee, Abbas Salimi-Namin, Pasdasht e Haghighat, 2002, s. 147. osądzenia wszystkich więźniów politycznych i egzekucji tych, którzy nie będą żałować działalności antyreżimowej. Oceny liczby zgładzonych wahają się od 1400 do 30 000Memories of a slaughtered Iranian.Khomeini fatwa 'led to kill 30,000 in Iran..
Za największych swoich wrogów Chomejni uważał prezydenta Stanów Zjednoczonych Jimmy’ego Cartera i prezydenta Iraku Saddama Husajna. Z powodu roszczenia sobie prawa do sprawowania władzy sądowniczej nad wszystkimi wyznawcami islamu Chomejni 14 lutego 1989 roku obłożył klątwą (fatwą) Salmana Rushdiego, autora powieści Szatańskie wersety i wezwał wszystkich wiernych do zamordowania go.
Ruhollah Chomejni zmarł 3 czerwca 1989 roku po kilkunastodniowym pobycie w szpitalu w Teheranie. Wcześniej, w ciągu dziesięciu dni, miał przebyć pięć ataków serca.