Po 1857 roku kolejne rządy szybko upadały, nie mogąc uzyskać większości w Izbie Deputowanych, ponieważ stronnictwa konserwatywne wzajemnie oskarżały się o próbę dominacji. Cesarz poprosił de Limę o przewodniczenie nowemu rządowi 2 marca 1861 roku. De Lima próbował uzyskać poparcie w parlamencie, jednak gdy również jemu się to nie udało, razem ze wszystkimi ministrami podał się do dymisji 24 maja 1862.
W 1875 roku z powodu konfliktu religijnego premier José Paranhos wraz z całym swoim rządem poddał się do dymisji, a cesarz poprosił de Limę o utworzenie kolejnego rządu. Ten próbował załagodzić spory wywołane przez poprzedni rząd. Postulował między innymi amnestię dla skazanych biskupów i zagroził rezygnacją, jeśli cesarz jej nie udzieli, co Piotr II niechętnie zrobił we wrześniu 1875 roku.
Pod koniec 1877 roku cesarz złożył de Limie wizytę, podczas której ustalono, że jego rząd zakończy swoją misję. 5 stycznia 1878 roku cały rząd został zdymisjonowany.mały|De Lima w 1877 Przykuty do wózka inwalidzkiego, de Lima spędził resztę swoich dni na farmie Santa Mônica, położonej w pobliżu miasta Valença. 7 maja 1880 roku o godzinie 23:00 po przystąpieniu ostatni raz do spowiedzi zmarł cicho, w obecności członków swojej rodziny. Fakt ten zasmucił Piotra II.