Udał się prosto do domu, ku zaskoczeniu żony, która, jak wszyscy inni, nie wiedziała o jego powrocie. Cesarz był wściekły, że markiz opuścił swoje stanowisko bez pozwolenia, tym bardziej, że de Lima ogłosił iż wojna została już wygrana - mimo że López nadal był na wolności i przegrupowywał swoje nieliczne wojska. Piotr II był bardzo rozczarowany de Limą, ale był również świadom, że to jemu zawdzięcza sukcesy, osiągnięte kosztem lat poświęceń i osobistej odwagi. 21 lutego 1869 roku cesarz wezwał markiza do pałacu Paço de São Cristóvão, aby się z nim pojednać.
Kilka dni później cesarz przyznał de Limie Order Piotra I i awansował go z markiza na księcia, co było najwyższą rangą brazylijskiej szlachty i wyjątkowym wyróżnieniem podczas 58-letniego panowania Piotra II.
Kariera polityczna 14 czerwca 1855 roku de Lima został ministrem wojny w rządzie Honório Hermeta. Gdy ten zmarł 3 września 1856 de Lima objął po nim urząd. Zrobił to niechętnie, ponieważ nie przypadł mu on po wyborach, a jedynie dzięki zabiegom prawnym. Poddał się do dymisji wraz z innymi członkami rządu 4 maja 1857.