W wyniku ataku statek zatonął na pozycji , a jego cała, licząca 39 osób załoga została uratowana przez statek ratowniczy „Perth”. W drugim ataku U-609 wystrzelił również dwie torpedy, jednak mimo zgłoszenia prawdopodobnego trafienia obie okazały się niecelne.
10 września po 57 dniach spędzonych w morzu okręt dotarł do Saint-Nazaire.
Drugi rejs bojowy 6 października U-609 wyszedł z Saint-Nazaire na swój drugi atlantycki patrol. 12 października U-Boot próbował podjąć atak na konwój ONS-136, jednak w wyniku obrzucenia bombami głębinowymi przez okręty eskorty jednostka doznała poważnych uszkodzeń i musiała oddalić się od przeciwnika. Między 13 a 16 października U-609 wchodził w skład wilczego stada „Panther”, a 17 października znów został uszkodzony bombami głębinowymi zrzuconymi przez brytyjską korwetę , podczas próby ataku na jednostki konwoju ONS-137. Uszkodzony U-609, dzięki zainstalowanemu na pokładzie detektorowi fal radarowych , pokonał bezpiecznie Zatokę Biskajską, chroniąc towarzyszący mu również uszkodzony U-254.
Okręt powrócił do Saint-Nazaire 22 października, po 17 dniach spędzonych w morzu.