Trzeci rejs bojowy Trzeci atlantycki patrol załogi U-Boota rozpoczął się 30 listopada, kiedy to okręt wyszedł z Saint-Nazaire. 1 grudnia dowódca U-609 Klaus Rudloff otrzymał awans na stopień kpt. mar. (niem. Kapitänleutnant). Od 6 do 11 grudnia okręt przyporządkowany był do wilczego stada „Draufgänger”, a między 11 a 18 grudnia wchodził w skład stada „Raufbold”. 16 grudnia podczas sztormowej pogody U-609 wystrzelił sześć torped w kierunku statków płynących w konwoju , jednak żadna nie trafiła. Po bezowocnym 24-dniowym rejsie U-Boot zawinął do bazy w Saint-Nazaire 23 grudnia.
Czwarty rejs bojowy i utrata okrętu 16 stycznia 1943 roku U-609 wyszedł z Saint-Nazaire na swój czwarty atlantycki patrol. Między 19 a 28 stycznia U-Boot wchodził w skład wilczego stada „Landsknecht”, a 1 lutego został przyporządkowany do stada .
5 lutego okręt podwodny wykrył konwój i śledził go przez dobę, wysyłając sygnały radiowe. 6 lutego na południowy wschód od przylądka Farvel, podczas próby ataku na płynące w konwoju statki, U-609 został najpierw ostrzelany ogniem artyleryjskim, a następnie zaatakowany bombami głębinowymi przez francuską korwetę .