2 listopada Joseph Smith i inni przywódcy Kościoła zostali oskarżeni o zdradę stanu Missouri i osadzeni na całą zimę 1838/1839 w więzieniu w Liberty, a społeczność wiernych z polecenia gubernatora została wypędzona ze stanu Missouri.
W roku 1839 święci zaczęli gromadzić się w Nauvoo w stanie Illinois, gdzie założyli duże miasto, a Smith został jego burmistrzem. W lutym 1841 roku założył tam Nauvoo Legion, liczący 2500 osób oddział militarny mający bronić wiernychW tym okresie była to duża grupa militarna licząca jedną trzecią amerykańskiej armii.. Tam Joseph Smith otrzymał polecenie zbudowania nowej świątyni, którą wznoszono z wielkim poświęceniem wiernych. Joseph Smith był przywódcą Kościoła aż do 27 czerwca 1844, kiedy został zabity wraz z bratem Hyrumem w miejscowości Carthage (w stanie Illinois), gdzie obaj przebywali w areszcie z powodu wywołania zamieszek spowodowanych doprowadzeniem do zniszczenia drukarni publikującej nieprzychylną mormonom gazetę „Nauvoo Expositor” wydaną przez byłego członka Kościoła Williama Lawa oraz oskarżenia o zdradę stanu Illinois poprzez mobilizację Nauvoo Legion i ogłoszenie stanu wojennego.