Po śmierci Josepha Smitha swoje roszczenia co do przywództwa w Kościele zgłosili Sidney Rigdon i James Strang. 8 sierpnia 1844 następcą Josepha Smitha w Kościele Jezusa Chrystusa Świętych w Dniach Ostatnich został prezydent Kworum Dwunastu Apostołów Brigham Young. Niektórzy członkowie Kościoła odrzucili ten wybór i podążyli za Sidneyem Rigdonem (Kościół Jezusa Chrystusa Dzieci Syjonu), Jamesem Strangiem (strangici) lub też innymi, którzy założyli własne denominacje ruchu świętych w dniach ostatnich. W roku 1848 ukończono budowę Świątyni NauvooZostała ona spalona w 1848 roku, a następnie niemal całkowicie zniszczona przez tornado w 1850 roku. Po około 150 latach wybudowano nową świątynię, wyglądem odpowiadającej tej pierwszej. Nowa świątynia została poświęcona w czerwcu 2002 roku..
W roku 1846 członkowie Kościoła zostali zmuszeni do opuszczenia Nauvoo. Dlatego Brigham Young w latach 1846–1857 w kilku falach poprowadził mormonów na tereny dzisiejszego stanu Utah, gdzie założono miasto Salt Lake City, a Young został pierwszym gubernatorem Terytorium Utah. Po odwołaniu Brighama Younga ze stanowiska przez prezydenta Jamesa Buchanana niezadowoleni mormoni 11 września 1857 roku dokonali masakry pod Mountain Meadows, w której zabili 120 kolonistów podróżujących do Kalifornii.