Dwuprospektowe organy pochodzą z XVI wieku, obecny wygląd uzyskały podczas renowacji w XVIII wieku; składają się z 4 manuałów, pedału i 63 głosów. W 2021 roku instrument wyremontowano.
Strona północna Kaplicę św. Marka zdobi ołtarz z 1744 roku Giorgia Massariego, fresk sufitowy autorstwa Andrei Urbaniego oraz dwa obrazy z ok. 1615 roku, wykonane przez , które pierwotnie miały być elementami skrzydeł zamykających organy. Ołtarz z 1501 roku poświęcony jest świętym: Szczepanowi, Janowi Chrzcicielowi, Markowi Ewangeliście, Hieronimowi, Hermagorasowi, Antoniemu Wielkiemu i bł. Bertrandowi, predellę wykonał z kolei w 1744 roku Gian Domenico Ruggeri. Kaplicę św. Jerzego zdobi bogato dekorowane sklepienie z 1742 roku i ołtarz główny z lat 1500–1501, przechowywane są w niej również relikwie bł. Bertranda. Ołtarz w kaplicy Madonna della Divina Provvidenza pochodzi z 1720 roku. Tzw. kaplicę Relikwii planowano pierwotnie dla przechowywania szczątków bł. Bertranda, zdobi ją m.in. kwadraturowe sklepienie, popiersie papieża Piusa IX, posągi świętych: Grzegorza i Kwiryna, drewniany krucyfiks z 1473 roku oraz dwie XVIII-wieczne płaskorzeźby.