W listopadzie 1862 roku Estreicher przeprowadził się do Warszawy, gdzie kontynuował pracę nad bibliografią w oparciu o zasoby bibliotek warszawskich. Bibliografia Polska XIX stulecia została ukończona w 1868 roku, jednak kurator warszawskiej Szkoły Głównej nie dopuścił do jej publikacji z powodów politycznych. Estreicher przeniósł się do Krakowa pod koniec 1868 roku, gdzie rozpoczął druk swojego dzieła rok później. Praca nad bibliografią XIX wieku zbiegała się z gromadzeniem materiałów do części poświęconej drukom wcześniejszym, czego efektem jest tzw. mały Estreicher czyli Bibliografia Polska XV-XVI stulecia wydana w 1875 roku.
Nakładem Spółki Księgarzy Polskich w latach 1906–1916 ukazały się uzupełnienia Bibliografii XIX wieku, czyli tzw. seria IV.
Prace nad bibliografią kontynuował syn Karola, Stanisław Estreicher (opracował i wydał tomy 23–33 serii III) oraz jego wnuk Karol Estreicher, który wydał pierwszy zeszyt 34. tomu w 1951 roku i powołał Pracownię Bibliografii Estreichera w 1954 roku, a od 1959 roku wydawał scaloną i uzupełnioną Bibliografię polską XIX stulecia. Nad bibliografią pracowali także Jan Szlachtowski z Biblioteki Ossolineum i historyk Józef Szujski.