Przez cały ten okres pozostawała szkołą średnią wyłącznie dla chłopców.
Prowadzenie nauki w gimnazjum zakończono 21 stycznia 1945, pozostałych jeszcze uczniów powołano do oddziałów obrony terytorialnej (Volkssturmu). W wyniku prowadzonych działań wojennych w okresie luty-marzec 1945 obiekty szkolne znacznie ucierpiałyRudolf Bultmann, Günther Bornkamm, Briefwechsel 1926-1976, str. 114Gymnasium Braunsberg. Des Gymnasiums letzter Akt 1933– 1945 von Michael Bludau, w: ZGAE 29 1966.
Architektura obiektów szkoły Pierwsza szkoła jezuicka wraz z konwiktem mieściła się w pofranciszkańskim budynku klasztornym. W latach 1743–1771 został wzniesiony nowy reprezentacyjny obiekt kolegium jezuickiego w miejscu budynków gospodarczych przylegających do murów obronnych i jest to środkowe skrzydło współczesnej szkoły (w 1758 budowa przerwana na jakiś czas wskutek katastrofy budowlanejKatalog zabytków sztuki. Województwo elbląskie. Braniewo, Frombork, Orneta i okolice. t. 2, zeszyt 1, Tekst, pod red. Mariana Arszyńskiego i Mariana Kutznera, Warszawa : Instytut Sztuki Polskiej Akademii Nauk, 1980, s. 27–29). Duże zmiany architektoniczne otoczenia szkoły nastąpiły po kasacie zakonu jezuitów. Przystąpiono do prac rozbiórkowych obiektów jezuickich. W 1792 rozebrano budynek drukarni jezuickiej. W latach 1805–1806 zburzono stary klasztor.