W 1809 rozebrano stary średniowieczny kościół pofranciszkański, znajdujący się przed budynkiem szkoły. Dopiero po pół wieku zaczęto rozwijać infrastrukturę szkolną. W latach 1861–1863 przy szkole wybudowany został kościół gimnazjalny. W latach 1867–1869 pomiędzy kościołem a szkołą dobudowano aulę. Budynek gimnazjum do 1904 nie był połączony z lewym skrzydłem, w tym roku dobudowano łącznik spajający gimnazjum z Wieżą Kleszą, gdyż wieżę tę miasto już w 1858 przekazało szkole i wieża była użytkowana przez szkołę m.in. jako obserwatorium astronomiczne. Kolejna wielka przebudowa kompleksu gimnazjum, obejmująca również aulę i kościół, miała miejsce w latach 1931–1934. Wymusiła ją stale rosnąca liczna uczniów – w rekordowym roku 1930 było ich aż 459 w gimnazjum. W 1931 wyburzono najpierw dom nauczycielski i starą salę gimnastyczną, a w ich miejscu dobudowano następnie prawe skrzydło szkoły z nową salą gimnastyczną. Bryła szkolna otrzymała wówczas kształt podkowy, który został do współczesności. W ramach tego remontu z lat 1931–1934 kościół wraz z aulą i szkołą został między innymi nakryty jednolitym dachem dwuspadowymPiotr Gursztyn Liceum Hosianum w Atenach Północy, IKAT. Gazeta Braniewska, 25 lipca 2003 r., s. 6–7.