W wyniku działań wojennych kompleks bardzo ucierpiał. Do odbudowy szkoły przystąpiono dopiero na początku lat 60. Odremontowano jednak jedynie jej prawe skrzydło, a następnie XVIII-wieczną środkową część szkoły z arkadami. Odbudowa trwała do roku 1971, lecz nie odwzorowywała wiernie przedwojennej architektury. Zniekształcony został m.in. kształt okien, uproszczona została elewacja budynku, zaś klatka schodowa, pierwotnie znajdująca się pośrodku budynku, została przesunięta do zachodniej części szkoły. Prawe skrzydło straciło też dach dwuspadowy na rzecz płaskiego, a także zamurowano znajdujące się w nim przejście pomiędzy dziedzińcem gimnazjum a dawną ulicą pocztową. Remont i odbudowę szkoły prowadzono pod kierunkiem Apolinarego Skrodzkiego.
Mury kościoła w lewym skrzydle stały w ruinie aż do roku 1968Andrzej Kopiczko Kościół warmiński a polityka wyznaniowa po II wojnie światowej, Olsztyn 1996, s. 73, dopiero wówczas je rozebrano, jako najpewniej niepasujące do nowej socjalistycznej rzeczywistości. Następnie na jego gruzach wzniesiono typowy dla socjalistycznej zabudowy blok mieszkalny, nieprzystający architekturą ani do XVIII-wiecznego skrzydła z krużgankami, ani do Wieży Kleszej. Budynek ten będzie pełnić przez wiele lat funkcję internatu przyszkolnego.