Od północy granicę parku stanowią natomiast otwarte wody morskie oraz tor wodny rzeki Łaby.
Pod względem administracyjnym obszar parku należy do dzielnicy Neuwerk, która jest częścią Hamburga i stanowi eksklawę tego kraju związkowego oddaloną o około 110 km w linii prostej od centrum miasta.
Charakterystyka Park Narodowy Hamburskiego Morza Wattowego zajmuje obszar o powierzchni 137,5 km² (pierwotnie, do 2001 roku – 117 km²), który dzieli się na dwie strefy: strefę I – o powierzchni 125,8 km² (91,5% obszaru parku), która objęta jest ścisłą ochroną, a wstęp do niej możliwy jest wyłącznie za specjalnym pozwoleniem lub z przewodnikiem, strefę II – o powierzchni 11,7 km² (8,5% obszaru parku), która jest użytkowana zgodnie z zasadami zrównoważonego rozwoju.
thumb|left|Słone mokradła na wschodzie wyspy Neuwerk (2021) Obszar parku narodowego obejmuje rozległe, okresowo zalewane przez wody morskie piaszczyste równie pływowe (watty) z przybrzeżnymi lagunami i płytkimi zatokami, mieliznami i ławicami oraz potokami pływowymi (). Występują tu siedliska takie jak nadmorskie wydmy białe i ich inicjalne stadia, wydmy szare oraz wilgotne zagłębienia międzywydmowe, a także słone bagna, nadmorskie solniska oraz kidziny.