Fauna thumb|left|Kolonia rybitwy czubatej na wyspie Scharhörn (1993) Położenie parku narodowego niedaleko ujścia Łaby oraz wysokie pływy sprawiają, że wody morza w tej okolicy są bogate w składniki odżywcze, co sprzyja bioróżnorodności. Występują tu 34 gatunki ryb, w tym gatunki chronione na mocy unijnej dyrektywy siedliskowej – parposz (Alosa fallax), minóg morski (Petromyzon marinus) i . Wiele gatunków odbywa w wodach hamburskiego Morza Wattowego swoje tarło, m.in. gładzica (Pleuronectes platessa), śledź (Clupea harengus) i sola (Solea solea).
Na terenie parku i w jego okolicach zaobserwowano występowanie 340 gatunków ptaków, spośród których 81 odbywa na wyspach Neuwerk, Scharhörn i Nigehörn swoje lęgi. Licznie zimuje tutaj również ptactwo wodne. Do przedstawicieli awifauny wymienionych w dyrektywie siedliskowej należą: uszatka błotna (Asio flammeus), bernikla obrożna (Branta bernicla) i bernikla białolica (B. leucopsis), piaskowiec (Calidris alba), biegus zmienny (Calidris alpina) i biegus rdzawy (C. canutus), sieweczka obrożna (Charadrius hiaticula), sokół wędrowny (Falco peregrinus), ostrygojad (Haematopus ostralegus), szlamnik (Limosa lapponica), kulik wielki (Numenius arquata), siewka złota (Pluvialis apricaria) i siewnica (P.