Flora thumb|Soliród rosnący na wyspie Scharhörn (2014) W Morzu Wattowym występuje około tysiąca gatunków roślin, z czego na terenie parku narodowego wykazano obecność 431 gatunków. Cechą charakterystyczną miejscowej flory jest jej przystosowanie do trudnych warunków, takich jak wysokie zasolenie, silne pływy morskie czy intensywna akumulacja osadów. Na wattach oprócz różnych gatunków glonów oraz trawy morskiej licznie występują halofity, m.in. soliród zielny (Salicornia europaea) będący również rośliną pionierską na tych obszarach. Rośnie tu także aster solny (Tripolium pannonicum), (Limonium vulgare) i bylica nadmorska (Artemisia maritima). Piaszczyste wydmy wysp Scharhörn i Nigehörn porastają psammofity, m.in. perz sitowy (Elymus farctus), rukwiel nadmorska (Cakile maritima) i piaskownica zwyczajna (Calamagrostis arenaria).