Organizował akcje likwidowania niemieckich konfidentów, jak również akcje skierowane przeciwko pododdziałom niemieckim i pomocniczym formacjom ukraińskim stacjonującym w Białobrzegach, Huszczce, Bełżcu, Równem, Sochach i Starym Zamościu. W czasie akcji wysiedlania Polaków i pacyfikacji Aktion Zamość kierował opieką na rodzinami aresztowanych i udzielał schronienia osobom poszukiwanym przez gestapo. Prowadził kursy podoficerskie dla żołnierzy AK oraz dla sanitariuszek. Za działalność w czasie okupacji niemieckiej władze Państwa Podziemnego nadały mu odznaczenie krzyża walecznego.
Przeciw komunistom Po wkroczeniu armii czerwonej na Zamojszczyznę, Roman Szczur pozostał w konspiracji wraz ze swoimi podkomendnymi. W okresie od sierpnia 1944 do wrzesień 1945 był dowódcą placówki AK-DSZ-WiN Stary Zamość w Rejonie "Jaśmin". Przechowywał broń, sprzęt i archiwa oraz utrzymywał łączność w organizacji. Prowadził również baczną obserwację działalności UB i podejmował akcję dywersyjne. 7 października 1944 dokonał uwolnienia 30 aresztowanych (wśród nich byli m.in. Józef Kaczoruk, por. Jan Turowski ps. "Norbert") z więzienia w Zamościu. W grudniu 1945 został kierownikiem Rejonu "Jaśmin" w Okręgu Lublin WiN. Próbował wprowadzić swoich podwładnych do życia bez konspiracji.